Han har dog oplevet adskillige nær-døden-oplevelser og er blevet dræbt i alternative tidslinjer og historielinjer :
* The Clone Saga (1994-1996): Denne berygtede historie så Spider-Man tilsyneladende dø og blive erstattet af en klon, selvom dette til sidst blev afsløret som et bedrag.
* "One More Day" (2007): I denne historie indgår Spider-Man en aftale med Mephisto for at redde tante Mays liv, men på bekostning af at slette hans ægteskab med Mary Jane Watson fra eksistensen.
* "The Death of Spider-Man" (2004): Dette var en separat kontinuitet uden for Marvel-universet, hvor Spider-Man blev dræbt af Green Goblin.
* "Spider-Man:Reign" (2007): Denne fremtidige tidslinje så en ældre, udmattet Spider-Man dø efter en sidste kamp med Green Goblin.
Det er vigtigt at bemærke, at disse er specifikke tilfælde og ikke gælder for Marvel-universet. Mens Spider-Man har stået over for mange udfordringer og tragedier, fortsætter han med at være en ikonisk helt i Marvel-universet.