I 1847 anlagde Scott en retssag mod sin ejer, John Sandford, for hans frihed. Scott hævdede, at han var blevet en fri mand, da han boede i det frie territorium i Illinois. Sagen blev til sidst appelleret til den amerikanske højesteret, som afsagde dom mod Scott i 1857.
Dred Scott-beslutningen var en af de mest kontroversielle højesteretsafgørelser i amerikansk historie. Den afgjorde, at afroamerikanere ikke var statsborgere og ikke kunne sagsøge ved en føderal domstol. Den sagde også, at Missouri-kompromiset fra 1820, som havde forbudt slaveri nord for 36°30′-bredden, var forfatningsstridigt.
Dred Scott-beslutningen uddybede splittelsen mellem nord og syd yderligere og var med til at udløse borgerkrigen. Det var en stor sejr for det slaveholdende Syd, men det forargede også mange mennesker i Norden og hjalp med at forene anti-slaverikræfter. Beslutningen blev omstødt ved vedtagelsen af det trettende ændringsforslag til den amerikanske forfatning i 1865, som afskaffede slaveriet.
Ud over dens juridiske og politiske betydning havde Dred Scott-sagen også en væsentlig indflydelse på Dred Scotts personlige liv. Han og hans familie blev befriet efter borgerkrigen, men de stod over for mange udfordringer og strabadser i årene efter. Scott døde af tuberkulose i 1858, kun få måneder efter, at hans sag blev afgjort af højesteret.
I dag huskes Dred Scott som et symbol på kampen for racelighed i Amerika. Hans sag var et stort vendepunkt i nationens historie, og det var med til at bane vejen for slaveriets afskaffelse.