Her er nogle vigtige eksempler:
* De Vises Sten: Den centrale konflikt drejer sig om truslen om, at Lord Voldemort forsøger at stjæle Stenen for at genvinde sin magt.
* Den forbudte skov: De står over for fare fra en trehovedet hund, der vogter Stenen og forskellige andre skabninger.
* Skakspillet: De skal overvinde et kæmpe skakbræt, hvor brikkerne er i naturlig størrelse og farlige.
* Fældedørene: De støder på adskillige fælder i slottet, inklusive den berygtede "Devil's Snare".
* The Mirror of Erised: The Mirror of Erised (ønske stavet baglæns) frister Harry med billedet af sine forældre, hvilket næsten får ham til at miste fokus på den sande opgave.
* Professor Quirrell: De opdager, at den tilsyneladende harmløse professor Quirrell faktisk er besat af Voldemort.
* Den endelige konfrontation: Harry står over for Quirrell og Voldemort og risikerer sit eget liv for at beskytte Stenen.
Dette er blot nogle få eksempler på de mange problemer, de stod over for. Gennem hele bogen viser Harry, Ron og Hermione mod, opfindsomhed og loyalitet i at overvinde disse forhindringer.