* Harry Potter, den unge troldmand, der repræsenterer det gode: Han har til opgave at forhindre Lord Voldemort i at få fat i de troldmandssten, en kraftfuld magisk artefakt, der ville give udødelighed og enorm magt.
* Lord Voldemort, den mørke Herre, der repræsenterer ondskab: Han er besat af at genvinde sin tabte krop og magt, og ser de troldmandssten som nøglen til at opnå dette.
Denne centrale konflikt kompliceres yderligere af:
* Truslen mod Hogwarts og troldmandsverdenen: Voldemorts jagt på Stenen bringer hele det magiske samfund i fare, da han er en hensynsløs og destruktiv kraft.
* Harrys personlige kamp: Han må affinde sig med sine egne magiske evner og konfrontere sandheden om sine forældres død og hans forbindelse til Voldemort.
* Andre karakterers interne kampe: Karakterer som Snape, Dumbledore og endda Ron og Hermione kæmper med deres egne interne konflikter og motivationer, hvilket tilføjer kompleksitet til historien.
Konflikten i Harry Potter and the Sorcerer's Stone er løst, da Harry med hjælp fra sine venner besejrer Voldemort og forhindrer ham i at skaffe Stenen. Denne sejr etablerer Harry som en helt og sætter scenen for hans fremtidige kampe mod mørkets kræfter.