The Disappearance of Nagato Yuki-chan foregår i en alternativ virkelighed, hvor Yuki Nagato er det eneste medlem af SOS Brigaden. De andre medlemmer af klubben, inklusive Haruhi Suzumiya, Mikuru Asahina og Itsuki Koizumi, er alle forsvundet. Yuki er fast besluttet på at finde ud af, hvad der skete med hendes venner og bringe dem tilbage.
Serien fortælles fra Yukis perspektiv og udforsker hendes tanker og følelser, mens hun undersøger forsvindingerne. Den dykker også ned i forholdet mellem medlemmerne af SOS Brigaden, og hvordan de er blevet påvirket af forsvindingerne.
Nagato Yuki-chans forsvinden er blevet rost for sin karakterudvikling og dens udforskning af temaerne venskab og loyalitet. Serien er også blevet rost for sine smukke illustrationer og dens trofaste tilpasning af de originale lysromaner.
The Disappearance of Nagato Yuki-chan er et must-read for fans af The Melancholy of Haruhi Suzumiya og for alle, der nyder et godt mysterium.