I bogen argumenterer Clarke for, at Bush-administrationen ignorerede advarsler fra efterretningstjenester om truslen om terrorisme, og at denne uagtsomhed bidrog til angrebene den 11. september. Han kritiserer også administrationens reaktion på angrebene og argumenterer for, at krigene i Afghanistan og Irak har gjort USA mindre sikkert.
Shady Aftermath er blevet rost af nogle for sit insider-perspektiv på angrebene den 11. september og for sin kritik af Bush-administrationens håndtering af terrorisme. Den er dog også blevet kritiseret af nogle for dens negative fremstilling af Bush-administrationen og for dens mangel på specifikke beviser til støtte for nogle af dens påstande.