Da Rorschach graver dybere, opdager han en sammensværgelse, der involverer en gruppe udklædte vagthavende kendt som Minutemen, som var aktive i 1940'erne og 1950'erne. Han lærer også om et stof kaldet "Prometheus", som har magten til at give folk superkræfter.
Rorschach slår sig sammen med Nite Owl, en tidligere superhelt, der nu er pensioneret, og Dr. Manhattan, et magtfuldt og gudelignende væsen, som blev skabt af Veidt. Sammen konfronterer de Veidt og opdager, at han er hjernen bag konspirationen. Veidts plan er at bruge Prometheus til at ødelægge en storby og derved forene verden i frygt og forhindre atomkrig.
Rorschach, Nite Owl og Dr. Manhattan forsøger at stoppe Veidt, men de er for sent. Veidt detonerer bomben, ødelægger New York City og dræber millioner af mennesker. Efterfølgerne af katastrofen efterlader verden i kaos og usikkerhed.
The Watchmen er en kompleks og moralsk tvetydig historie, der udforsker temaer om heroisme, årvågenhed og naturen af godt og ondt. Det er også en kommentar til den kolde krig og truslen om atomkrig.