Historiens konflikt lægger vægt på følelser, hævn og samspillet mellem samfundsmæssige fordomme og indre kamp frem for at udforske samspillet mellem menneskeheden og naturen. Derudover, da de fleste af begivenhederne finder sted inden for Palais Garniers rammer, er de naturlige elementer ikke særligt fremhævet i denne historie. Derfor er der ikke en konflikt mellem menneskeheden og naturen, der driver fortællingen i "The Phantom of the Opera."