I romanen er Fantomet en deformeret mand, der bærer en maske for at skjule sit ansigt. Han bor i katakomberne under operahuset og bruger sit musikalske geni til at styre operasangerne og scenehåndværkerne. Fantomet forelsker sig i en ung sopran ved navn Christine Daaé og bliver besat af hende. Han kidnapper hende og tager hende med til sit hul i katakomberne. Christine flygter til sidst fra Fantomet, som forsvinder ud i natten.
Fantomets skæbne er efterladt tvetydig i romanen. I den originale franske version af romanen siges Fantomet at have hængt sig selv i katakomberne. Imidlertid siges Fantomet i den engelske oversættelse at være forsvundet i Paris' kloakker.