* The Short-Timers (1990) :Han spiller en karakter kaldet "Kaptajnen" i denne sorte komedie om en gruppe soldater udstationeret i Filippinerne.
* Bram Stokers Dracula (1992) :Han spiller rollen som Renfield, grev Draculas mentalt forstyrrede patient. Dette var en mere fremtrædende rolle for ham.
* Balladen om Lille Jo (1993) :Han portrætterer en mystisk karakter kaldet "The Preacher" i dette vestlige drama.
* Mystery Men (1999) :Han har en cameo-rolle som "The Sweeper" i denne superheltekomedie.
* Big Fish (2003) :Han spiller "The Witch" i Tim Burtons fantasyfilm.
Det er værd at bemærke, at Tom Waits primært er kendt for sin musikkarriere, og han har kun medvirket i få film. Han har en tendens til at vælge roller, der er mørke, excentriske eller på anden måde ukonventionelle.