* Uskyld og uvidenhed: Brunos naivitet er central i romanen. Han forstår ikke den sande natur af koncentrationslejren eller den fare, den repræsenterer. Denne uskyld fremhæver den skarpe kontrast mellem Brunos verden og holocausts virkelighed.
* Venskab og forbindelse: Brunos venskab med Shmuel, en dreng på den anden side af hegnet, overskrider barriererne for fordomme og frygt. Deres forhold viser styrken af menneskelig forbindelse i lyset af modgang.
* Farerne ved blind lydighed: Brunos far, en højtstående nazistisk officer, repræsenterer farerne ved ubestridelig lydighed mod autoriteter. Han er medskyldig i Holocausts rædsler, selvom han ikke helt forstår deres omfang.
* Karten af fordomme og diskrimination: Romanen afslører de ødelæggende konsekvenser af fordomme og diskrimination. Brunos oprindelige frygt for "folket i stribet pyjamas" stammer fra den propaganda og misinformation, han har været udsat for.
* Kraften af empati og medfølelse: På trods af sin første frygt og uvidenhed udvikler Bruno empati for Shmuel og de andre fanger. Denne empati udfordrer det nazistiske regimes dehumaniserende ideologier.
* Tab af barndom: Brunos tab af uskyld og det traume, han oplever, repræsenterer det tab af barndom, som utallige børn led under Holocaust.
* Holocausts indvirkning på familier: Romanen fremhæver Holocausts ødelæggende indvirkning på familier, både jødiske og ikke-jødiske. Brunos familie bliver revet fra hinanden af krigen, og Shmuels familie bliver ødelagt af det nazistiske regime.
"Drengen i den stribede pyjamas" bruger Brunos uskyldige perspektiv til at afsløre Holocausts mørke realiteter og rejse vigtige spørgsmål om menneskets natur, fordomme og empatiens og medfølelsens magt.