I Shrek den tredje er Shrek og Fiona ved at blive forældre. Men før de kan slå sig ned, bliver de afbrudt af en budbringer fra Far Far Away. Budbringeren informerer dem om, at kong Harold er gået bort, og at Shrek er den næste i rækken til tronen.
Shrek er tilbageholdende med at påtage sig rollen som konge, men han accepterer til sidst. Han, Fiona og Æsel drager afsted til Far Far Away, hvor de bliver mødt med fjendtlighed af borgerne. De bliver også konfronteret af Prince Charming, som er fast besluttet på at overtage kongeriget for sig selv.
Med hjælp fra sine venner er Shrek i stand til at besejre Prince Charming og redde kongeriget. Han lærer også, at han er en god far, og at han er i stand til at være en god konge.
Ud over hovedhistorien byder Shrek den tredje også på en række underplot. Disse underplotter inkluderer eventyrene fra æsel og pus i støvler, såvel som den onde heks forsøg på at genoplive sin mand, Lord Farquad.
Shrek the Third er en sjov og underholdende film, der helt sikkert vil glæde fans af Shrek-serien. Det er en historie om familie, venskab og vigtigheden af at være tro mod sig selv.