Butikken er designet af Beatles' ven og kunstneriske samarbejdspartner, Simon Posthuma, som også har designet deres albumcovers og andet reklamemateriale. Det var beregnet til at være en detailhandel for merchandise relateret til Beatles og andre kunstnere med tilknytning til Apple Records, herunder tøj, tilbehør og boligartikler.
Butikken var kendt for sin farverige og psykedeliske indretning, som afspejlede æstetikken i slutningen af 1960'erne. Det indeholdt også genstande designet af Beatles selv, såsom T-shirts, tørklæder og smykker.
Apple Boutique stod dog over for udfordringer fra begyndelsen, herunder manglende ledelseserfaring, økonomisk dårlig forvaltning og konkurrence fra andre butikker. Beatles stødte også på vanskeligheder med lejekontrakten for ejendommen og uenigheder mellem dem og deres rådgivere om retningen af butikken.
Som et resultat lukkede Apple Boutique i august 1968 efter kun et års drift. The Beatles led betydelige økonomiske tab fra virksomheden, og butikkens lukning markerede afslutningen på deres direkte involvering i detailhandelen.