Historien begynder i Oz under begivenhederne i filmen The Wizard of Oz fra 1939 og introducerer to unge kvinder, der ikke kunne være mere anderledes. Elphaba, den fremtidige ugudelige heks fra Vesten, er en egenrådig og misforstået pige, der er født med smaragdgrøn hud. Galinda, den fremtidige Gode Heks fra Norden, er en smuk og populær blondine, der altid har fået alt, hvad hun nogensinde har ønsket sig.
På trods af deres forskelligheder bliver Elphaba og Galinda venner på Shiz University, et magisk akademi, hvor de studerer magi. Deres venskab bliver dog sat på prøve, da Elphaba bliver anklaget for at være spion for den onde troldmand fra Oz. Galinda slutter sig til troldmanden, og Elphaba er tvunget til at flygte fra universitetet.
Elphaba tager på en rejse for at opdage sin sande identitet og skæbne, og undervejs møder hun flere interessante karakterer, herunder Tinmanden, fugleskræmselen og den feje løve. Hun står også ansigt til ansigt med troldmanden fra Oz, som viser sig at være en magtfuld, men korrupt mand.
I sidste ende må Elphaba beslutte, om hun vil bruge sine kræfter til godt eller ondt. Hun vælger i sidste ende at bruge sine kræfter til at hjælpe befolkningen i Oz, og hun bliver en elsket skikkelse i Ozias historie.
Temaer
Wicked udforsker flere temaer, herunder godt vs. ondskab, venskabs natur og vigtigheden af selvaccept. Showet udfordrer også traditionelle ideer om heltemod og skurkskab, og det antyder, at der ofte er mere i folk, end hvad man kan se.