Sangen begynder med linjerne, "Se på stjernerne, se, hvordan de skinner for dig / Og alle de ting, du gør," hvilket tyder på en følelse af undren og påskønnelse af livets skønhed. Stemningen skifter dog hurtigt til en melankoli, da sangerinden reflekterer over tidens gang:"Uret tikker, det tikker væk / Og solen går ned, og natten er på vej."
Omkvædet udtrykker en længsel efter fortiden og et ønske om at holde fast i elskede øjeblikke:"I feel like I'm on fire, everything's on fire / Wanna get up, wanna get out, wanna get home / Wherever that is." Sangerinden længes efter at undslippe tidens ubønhørlige fremmarch og vende tilbage til en enklere, lykkeligere tid.
Det andet vers udforsker temaet om at søge efter mening i livet:"Jeg søger efter noget, jeg ikke kan finde / Og jeg holder fast i alt, hvad jeg kan / For at komme til toppen af bjerget, nå toppen af bjerget / Og jeg føler, at jeg drukner i havet." Sangerinden føler sig fortabt og på drift, og griber desperat efter noget at holde fast i i en verden, der virker overvældende og usikker.
Broen byder på et glimt af håb, hvor sangerinden udtrykker et ønske om at komme i kontakt med andre og finde trøst i deres nærvær:"Jeg vil have dig her, jeg vil have dig nær / jeg vil slå mine arme om dig nu." Dette tyder på en længsel efter menneskelig forbindelse og behovet for støtte og kammeratskab i lyset af livets udfordringer.
Sangen afsluttes med et gentaget omkvæd af "Se på stjernerne, se hvordan de skinner for dig", der gentager de indledende linjer, men med en nyfundet følelse af accept og forståelse. Sangerinden ser ud til at have forliget sig med tidens gang og livets forgængelighed, idet hun har fundet trøst i nattehimlens skønhed og stjernernes vedvarende tilstedeværelse.
Overordnet set er "Clocks" en gribende og reflekterende sang om de universelle menneskelige oplevelser af tab, længsel og søgen efter mening med livet. Den fanger tilværelsens bittersødhed og anerkender smerten og fortrydelsen af tidens forløb, mens den også fejrer skønheden og vidunderet ved livets rejse.