Teksterne beskriver en hvirvelvindsromance, der virkede perfekt i starten, men som hurtigt afslørede sin mørke side. Fortælleren synger om, hvordan hun vidste, at der var røde flag fra starten, men ignorerede dem på grund af de intense følelser, hun havde for denne person.
Gennem hele sangen bruger Swift metaforisk sprog og billedsprog til at formidle den følelsesmæssige uro i forholdet. Hun sammenligner sin kærlighed med en "rød forbandelse" og et "stof", som hun var afhængig af, på trods af at hun vidste, at det var skadeligt.
Omkvædet understreger fortællerens erkendelse af, at hun var inde over hovedet og burde have set problemerne komme:"Jeg vidste, du var problemer, da du gik ind, så skam mig nu."
Sangens bro bygger op til et klimaks, da fortælleren udtrykker sin frustration og vrede og ønsker, at hun kunne gå tilbage og fortryde sin beslutning om at blive involveret med denne person. Hun indser, at hun lod sig forblinde af sine følelser og betalte prisen for det.
Det sidste omkvæd gentager sangens hovedbudskab og forstærker ideen om, at fortælleren vidste, at hendes kærlighed var urolig, men stadig tillod sig selv at blive fanget af den.
Overordnet set fungerer "I Knew You Were Trouble" som en advarende fortælling om farerne ved at ignorere røde flag og give ind i intense følelser i et forhold, hvilket fører til eventuel hjertesorg og fortrydelse.