Gennem hele sangen tegner Tankian et levende billede af følelsesmæssig isolation, hvor individer er fanget i deres separate virkeligheder, ude af stand til virkelig at nå eller forstå hinanden. Han bruger billeder af fysiske rum, såsom tomme hjem og golde landskaber, til at spejle den tomhed, der føles indeni.
Ydermere overvejer han virkningen af teknologi og overfladiske forbindelser, og fremhæver, hvordan der på trods af at leve i en tid med konstant kommunikation forbliver en hulhed i menneskelige interaktioner.
I sidste ende er "Empty Walls" en opfordring til dybere, ægte forbindelser, et udtryk for ønsket om at bryde fri fra de følelsesmæssige mure, der adskiller mennesker og omfavne en mere tilfredsstillende menneskelig oplevelse. Det tjener som en stærk påmindelse om betydningen af at fremme meningsfulde relationer og pleje det følelsesmæssige aspekt af vores liv.