* Klaver: Han har nævnt at spille klaver i interviews og har endda optrådt på det i nogle af sine roller.
* Guitar: Han er blevet set spille guitar i nogle af sine tv-optrædener og har endda optrådt med et band.
* Trommer: Han har vist sine trommeevner i et par optrædener.
* Ukulele: Han har en ukulele i sit hjem og har vist interesse for at lære den.
Selvom han ikke er en professionel musiker, ser Neil Patrick Harris ud til at nyde at spille forskellige instrumenter for sjov og har endda inkorporeret dem i sit arbejde.