Fløjten har desuden et nøglesystem, der gør det muligt for spilleren nemt og hurtigt at åbne og lukke tonehullerne. Dette nøglesystem består af en række håndtag og stænger, der er forbundet til tonehullerne. Når der trykkes på en tast, åbner den det tilsvarende tonehul, og når en tast slippes, lukker den det tilsvarende tonehul.
Ved at variere længden af luftsøjlen og åbne og lukke tonehullerne kan fløjtenisten frembringe en lang række toner. Den laveste tone, som en fløjte kan frembringe, er C under middel C, og den højeste tone, som en fløjte kan frembringe, er C tre oktaver over mellem C.