- BWV 147 "Hjerte og mund og far og liv"
- BWV 140 "Pas på, lugt vores stemme"
- BWV 198 "Langsomt, først, langsomt, stadig et skridt"
Passionsoratorier:
- Matthæuspassion, BWV 244
- Johannespassionen, BWV 245
Messer:
- Messe i h-mol, BWV
- Messe i g-mol, BWV
Oratorier:
- Påskeoratorium, BWV 249
- Juleoratorium, BWV 248
Orkestersuiter:
- Orkestersuite nr. 1 i C-dur, BWV
- Orkestersuite nr. 2 i h-mol, BWV
- Orkestersuite nr. 3 i D-dur, BWV
- Orkestersuite nr. 4 i D-dur, BWV
Sonater og dele til soloviolin:
- Del nr. 1 i h-mol, BWV
- Del nr. 2 i d-mol, BWV
- Del nr. 3 i E-dur, BWV
Sonater og dele til solocello:
- Cellosuite nr. 1 i G-dur, BWV
- Cellosuite nr. 2 i d-mol, BWV
- Cellosuite nr. 3 i C-dur, BWV
- Cellosuite nr. 4 i Es-dur, BWV
- Cellosuite nr. 5 i c-mol, BWV
- Cellosuite nr. 6 i D-dur, BWV
Koncerter:
- Brandenburger Koncert nr. 1 i F-dur, BWV
- Brandenburger Koncert nr. 2 i F-dur, BWV
- Brandenburger Koncert nr. 3 i G-dur, BWV
- Brandenburger Koncert nr. 4 i G-dur, BWV
- Brandenburger Koncert nr. 5 i D-dur, BWV
- Brandenburger Koncert nr. 6 i B-dur, BWV
Tastatur virker:
- The Well-tempered Clavier, bog 1 og 2, BWV 846-8
- Goldberg-variationerne, BWV 988
- Franske suiter, BWV 812-817
- Engelske suiter, BWV 806-811
- Dele, BWV 825-830
Andre værker:
- Det musikalske tilbud, BWV 1079
- Kunsten at fuga, BWV
- Kor, BWV 250-438