Musikalske ceremonier er en del af Shinto-højtidelighederne, og musikinstrumenter som trommer og fløjter har en enorm betydning. Især trommer betragtes som hellige og spilles rytmisk for at vække guddommenes følelser og trække dem til ceremonierne.
Shintomusik er mangfoldig og omfatter både gammel rituel musik og moderne tilpasninger, der bevarer traditionelle elementer. Den højtidelige Kagura-musik er indbegrebet af rituel musik, udført af præster og præstinder under store festivaler. Gagaku, en høvisk musikgenre, kombinerer indfødte japanske melodier med kinesiske påvirkninger og spilles under ceremonier af yderste betydning.
Indflydelsen af shintomusik er sivet ind i andre områder af japansk kultur, herunder Noh-teater og folkelige ritualer. Japansk musik bevarer en tæt forbindelse til nationens Shinto-rødder, og musikalske komponenter fra disse ritualer fortsætter med at give genlyd i moderne kunstneriske praksisser.