En fløjtes klangfarve bestemmes af en række faktorer, herunder de materialer, der bruges til at fremstille instrumentet, instrumentets design og måden, hvorpå det spilles. Fløjter er typisk lavet af træ eller metal, og de forskellige materialer giver forskellige klangfarver. Træfløjter har en varmere, mere blød lyd, mens metalfløjter har en lysere, mere gennemtrængende lyd. Fløjtens design påvirker også dens klang. For eksempel har fløjter med en større boring en mørkere, mere resonanslyd, mens fløjter med en mindre boring har en lysere, mere fokuseret lyd. Den måde, hvorpå en fløjte spilles, påvirker også dens klang. For eksempel kan spillere bruge forskellige embouchures (måden, hvorpå de danner deres læber) til at producere forskellige lyde. Spillere kan også bruge forskellige artikulationsteknikker (måden, hvorpå de starter og stopper noder) til at producere forskellige effekter.
En fløjtes klang er en vigtig del af dens musikalske identitet. Det er det, der giver fløjten dens unikke lyd, og det, der gør den til et så alsidigt instrument. Fløjter bruges i en bred vifte af musikalske genrer, fra klassisk til jazz til rock.