- Orkestermusik:
- Brandenburger Koncerter (1721)
- Orkestersuiter (1720-1723)
- Violinkoncerter (1717-1723)
- Keyboardmusik:
- The Well-tempered Clavier (1722, 1744)
- Goldberg-variationer (1741)
- Franske suiter (1722-1725)
- Opfindelser og sinfonier (1723)
- Orgelmusik:
- Toccata og fuga i d-mol (ca. 1703-1707)
- Passacaglia og fuga i c-mol (ca. 1708)
- Præludium og fuga i G-dur (ca. 1730-1735)
- Vokalmusik:
- Matthæus-passion (1727)
- Johannes Passion (1724)
- Magnificat (1723)
- Juleoratorium (1734-1735)
- Andre værker:
- Das Musikalische Opfer (Det musikalske tilbud) (1747)
- Kunsten at fuga (ca. 1749-1750)
- Kantater (over 200)
- Messer (6)