En af de mest populære teorier er, at Beatles brugte backmasking, en teknik, hvor en besked optages baglæns, så den kan høres, når den spilles omvendt. Fans har hævdet at høre forskellige skjulte beskeder, når de spiller Beatles-sange baglæns, inklusive sætninger som "Turn me on, dead man" i "Revolution 9" og "I buried Paul" i "Strawberry Fields Forever". Disse påstande er blevet bredt diskuteret og afvist af nogle som pareidolia, tendensen til at opfatte meningsfulde mønstre i tilfældig eller ikke-relateret information.
En anden teori antyder, at Beatles efterlod visuelle spor og symbolik i deres albumcovers og reklamemateriale. Nogle fans mener, at coveret til "Sergeant Pepper's Lonely Hearts Club Band" indeholder et skjult billede af en mand, der står i mængden med ryggen til seeren, som nogle mener repræsenterer Paul McCartney. Andre har fortolket symboler eller objekter på forsiden af albums som "Abbey Road" og "Revolver" som at bære kryptiske beskeder.
Derudover har nogle fans analyseret teksterne til Beatles-sange, hvilket tyder på, at de indeholder tilslørede referencer til personlige oplevelser, sociale kommentarer eller skjulte betydninger. Fortolkning af teksterne kan være yderst subjektiv, og selvom visse sange kan give genlyd hos enkeltpersoner på forskellige måder, er det ofte svært at afgøre, om disse fortolkninger var tiltænkt af bandet.
Det er værd at bemærke, at mange af disse skjulte budskaber og teorier er blevet bredt debatteret, analyseret og afvist af eksperter og kritikere. The Beatles selv har aldrig officielt bekræftet eller afvist disse spekulationer, og efterladt deres sande natur åben for fortolkning. I sidste ende, om man tror på tilstedeværelsen af skjulte budskaber i Beatles-albums, forbliver et spørgsmål om personligt perspektiv og individuel opfattelse.