De tidligste bongoer blev sandsynligvis udviklet af slavegjorte afrikanere i Cuba, som brugte dem til at lave musik og udtrykke sig. Med tiden blev bongos en fast bestanddel af cubanske musikgenrer som son, rumba og salsa. De blev også adopteret af andre latinamerikanske lande og spredte sig til sidst over hele verden.
Bongo-trommer spillede en væsentlig rolle i udviklingen af forskellige musikalske stilarter, herunder jazz og latinjazz. I begyndelsen af det 20. århundrede blev bongoer introduceret til jazzmusik af berømte percussionister som Chano Pozo og Tito Puente. De blev et populært instrument i forskellige jazzbands og bidrog til sammensmeltningen af jazz og latinske rytmer.
I USA vandt bongos popularitet i løbet af 1950'erne og 1960'erne som en del af den latinske musikeksplosion. De var med i musikken af kunstnere som Tito Puente, Machito og Celia Cruz. Bongos fandt også vej til rock og popmusik, hvor de blev brugt til at tilføje et perkussivt element til sange.
I dag er bongos stadig et væsentligt instrument i mange musikgenrer, herunder latinmusik, jazz og forskellige former for populærmusik. De er almindeligt anvendt i percussion-ensembler og er også indarbejdet i musikuddannelsesprogrammer rundt om i verden.
Bongotrommernes historie er et vidnesbyrd om deres alsidighed, udtryksfuldhed og evne til at bringe mennesker sammen gennem musik. De er et symbol på kulturel udveksling, kreativitet og de rige traditioner for afro-cubansk musik.