Blokfløjten har en lang historie, der går tilbage til middelalderen. Det var et populært instrument i renæssancen og barokken. Blokfløjten blev brugt i en række forskellige musik, herunder folkesange, danse og kirkemusik.
I 1700-tallet blev blokfløjten erstattet af fløjten som det primære træblæserinstrument. Blokfløjten blev dog fortsat brugt i folkemusik og i skoler. I dag er blokfløjten stadig et populært instrument for begyndere.