Juanes har også været kendt for at bruge Gibson og Fender guitarer, samt specialfremstillede instrumenter fra forskellige luthiers.
Her er nogle af de guitarer, som Juanes har været kendt for at bruge:
* Martin D-28:Dette er Juanes' vigtigste akustiske guitar, og han har brugt den på adskillige indspilninger og optrædener. D-28 er en guitar i dreadnought-stil med en solid sitka-gran top og mahogni bag og sider. Den er kendt for sin varme, fyldige lyd.
* Martin D-45:Dette er en dyrere og begrænset udgave af D-28, med en solid Adirondack gran top og palisander bag og sider.
* Martin OM-28:Dette er en guitar med mindre krop end D-28 og D-45, med en mere delikat lyd. Den er velegnet til fingerplukning og klimpren.
* Gibson J-45:Dette er en klassisk akustisk guitar fra Gibson, med en solid Sitka gran top og mahogni bagside og sider. J-45 har en varm, slagkraftig lyd, der er perfekt til rytmespil.
* Fender Stratocaster:Dette er en klassisk elektrisk guitar fra Fender, med en solid el-krop, ahornhals og tre single-coil pickupper. Stratocasteren er kendt for sin lyse, stive lyd.
Juanes er en meget dygtig guitarist, og han er i stand til at få en bred vifte af lyde fra sine guitarer. Han er en mester i både akustisk og elektrisk guitar, og han er lige så komfortabel med at spille lead og rytme.