Nedbrydning af organiske materialer: Musikinstrumenter og andre genstande relateret til musik, såsom trommer, fløjter og rangler, er ofte lavet af organiske materialer, der nedbrydes over tid. Dette gør det svært at finde og studere disse artefakter.
Kulturelle ændringer og migrationer: Efterhånden som kulturer udvikler sig og migrerer, ændrer deres musikalske traditioner sig også. Det gør det svært at spore musikkens udvikling over tid, især når der mangler skriftlige plader.
Begrænsninger af arkæologiske beviser: Arkæologiske udgravninger kan give nogle indsigter i de tidlige kulturers musikalske praksis, såsom opdagelsen af musikinstrumenter eller skildringer af musikere i kunsten. Disse resultater kan dog være fragmentariske og giver muligvis ikke et fuldstændigt billede af deres musikalske traditioner.
Subjektive fortolkninger: Ved fortolkning af arkæologiske beviser eller historiske beretninger kan forskere foretage subjektive vurderinger om betydningen og betydningen af disse fund. Dette kan føre til forskellige fortolkninger og uenigheder blandt forskere.
Hemmelighed og eksklusivitet: Nogle musikalske praksisser kan være blevet holdt hemmelige eller begrænset til bestemte grupper af mennesker i et samfund, hvilket gør det vanskeligt for udenforstående at lære om dem.