* Rex Goodwin: Lederen af Dark Signers og seriens hovedantagonist.
* Devack: Den første Dark Signer, der dukkede op, og en tidligere ven af Yusei Fudo.
* Roman Goodwin: Rex' bror, og den anden Dark Signer, der dukkede op.
* Kalinin: En russisk Dark Signer, der bruger et mørkt kort til at manipulere andre.
* Digget: En mystisk kvinde, der optræder som den femte Dark Signer.
* Z-one: Et kraftfuldt væsen fra fremtiden, der orkestrerer begivenhederne i serien. Han er teknisk set ikke en Dark Signer, men han har en stærk forbindelse til dem.
* Antinomi: En gådefuld figur, der optræder sammen med Z-one, og som også er forbundet med Dark Signers.
Det er vigtigt at bemærke, at mens Dark Signers er de primære antagonister, er Z-one og Antinomy mere komplekse karakterer med deres egne motivationer.