Nogle af Slayers sange, der er kritiske over for kristendommen, inkluderer "Angel of Death", "South of Heaven" og "Raining Blood". Disse sange indeholder tekster, der er kritiske over for den katolske kirke, Bibelen og gudsbegrebet. Det er dog vigtigt at bemærke, at det ikke er meningen, at disse sange skal tages bogstaveligt, og at de blot er en form for kunstnerisk udtryk.
Slayers musik er blevet kritiseret af nogle religiøse grupper, som mener, at den fremmer vold og hadefulde ytringer. Bandet har dog forsvaret sin musik og siger, at den er beskyttet af den første ændring af den amerikanske forfatning.
Samlet set er Slayer et kontroversielt band, der er blevet kritiseret for sine antikristne temaer. Bandmedlemmerne har dog selv udtalt, at de ikke er anti-kristne, og at det ikke er meningen, at deres musik skal tages seriøst.