Gottschalks musik bliver ofte beskrevet som "nationalistisk", fordi den inkorporerer elementer af amerikansk folkemusik og populærmusik. Han brugte også afroamerikanske spirituals og andre elementer af afroamerikansk musik i sine kompositioner. Gottschalks musik er ofte karakteriseret ved dens brug af synkopering, improvisation og virtuos klaverteknik.
Nogle af Gottschalks mest berømte kompositioner inkluderer "Bamboula", "The Banjo", "The Union" og "The Last Hope". Disse musikstykker er alle repræsentative for Gottschalks unikke stil og hans engagement i at skabe en udpræget amerikansk musik.