Den mest almindelige juste intonationsstemning kaldes Pythagoras tuning. I pythagoras stemning er oktaven (intervallet mellem to toner, der lyder dobbelt så højt eller så lavt som hinanden) opdelt i 12 lige store trin. Hvert af disse trin kaldes en halvtone.
Følgende tabel viser intervallerne mellem tonerne i den kromatiske skala i Pythagoras stemning, udtrykt som forhold mellem frekvenser:
* C:1/1
* C♯:256/243
* D:9/8
* D♯:32/27
* E:5/4
* K:4/3
* F♯:45/32
* G:3/2
* G♯:512/343
* A:5/3
* A♯:6/5
* B:15/8
Som du kan se i tabellen, er intervallerne mellem nogle toner i Pythagoras stemning ikke helt lige store. For eksempel er intervallet mellem C og C♯ (kaldet en halvtone) mindre end intervallet mellem D og D♯ (også kaldet en halvtone). Dette skyldes, at intervallerne i Pythagoras tuning er baseret på forholdet mellem små hele tal, snarere end på lige store intervaller.
De ulige intervaller af bare intonation kan skabe en mere kompleks og interessant lyd end de lige intervaller af lige temperament tuning. Men netop intonation kan også være sværere at spille sammen, da det kræver, at musikere justerer tonehøjden på deres toner lidt, så de passer til intervallerne.