Efterhånden som historien skrider frem, lærer Fiona, at hendes sande skønhed ikke ligger i hendes fysiske udseende, men i hendes venlighed, kærlighed og indre kvaliteter. Hun vælger at forblive i sin troldform og omfavne sit sande jeg uanset samfundsnormer. Shreks indledende fordomme mod mennesker og troll er også udfordret, hvilket viser, at ægte skønhed går ud over fysiske egenskaber og forudfattede forestillinger.
Filmen forstærker budskabet om, at indre skønhed og evnen til at elske og blive elsket betyder mere end overfladisk fysisk skønhed. Shrek og Fionas forhold understreger denne idé, da de finder kærlighed og accept på trods af deres fysiske forskelle.