En af de mest slående ting ved Holbeins værk er hans brug af symbolik og allegori. Han brugte ofte genstande og figurer til at repræsentere abstrakte begreber eller ideer, og hans malerier er fulde af skjulte betydninger og referencer. For eksempel medtager han i sit maleri "Ambassadørerne" (1533) en række symboler, der hentyder til tidens politiske og religiøse spændinger. Kraniet i forgrunden er for eksempel en påmindelse om livets forgængelighed, og lut- og musikbøgerne repræsenterer universets harmoni.
Holbein var også en mester i satire, og hans arbejde er ofte fyldt med humoristiske og kritiske iagttagelser af samfundet. I sit maleri "Dødedansen" (1526-27) skildrer han for eksempel Døden, der leder et optog af mennesker fra alle samfundslag, fra konger og paver til bønder og tiggere. Maleriet er en påmindelse om, at døden er uundgåelig, og at ingen er fritaget for den, uanset deres sociale status eller rigdom.
Holbeins værk giver et værdifuldt indblik i den nordlige renæssances verden. Hans malerier afspejler tidens sociale, politiske og religiøse forandringer, og de tilbyder et unikt perspektiv på mennesker og begivenheder i den periode.