En teori er, at balalajkaen blev opfundet af det russiske folk selv. Dette er baseret på det faktum, at balalajkaen er et traditionelt russisk instrument, og der er beviser for dens eksistens i Rusland allerede i det 17. århundrede.
En anden teori er, at balalajkaen blev opfundet af en gruppe russiske musikere kendt som guslarerne. Guslarerne var omrejsende musikere, der spillede en række forskellige strengeinstrumenter, herunder balalajkaen. De menes at have spredt kendskabet til balalajkaen i hele Rusland.
Endelig tror nogle mennesker, at balalajkaen kan være opfundet af en mand ved navn Vasily Andreyev. Andreyev var en russisk musiker og komponist, der levede i slutningen af det 19. og begyndelsen af det 20. århundrede. Han er krediteret for at popularisere balalajkaen og bringe den til verdens opmærksomhed.
I sidste ende vil den sande opfinder af balalajkaen måske aldrig blive kendt. Instrumentet har dog en lang og rig historie, og det bliver ved med at blive spillet af musikere over hele verden.