Han blev født i Davao City, Davao, Philippine Islands, og var gift med Mercedes Cacho. Han var far til den tidligere borgmester i Davao City, Sara Duterte, vicepræsidentdatteren Inday Sara Duterte-Carpio og den tidligere kongresmedlem i Davao 3. distrikt Paolo "Pulong" Duterte.
Alvarez, en veteran fra politik i Davao City, gik først ind i politik i 1965, da han blev valgt til viceborgmester i byen. Hans to-periode som borgmester var præget af en kampagne mod muslimske oprørere i området og et aggressivt økonomisk udviklingsprogram. Han støttede også Ferdinand Marcos' præsidentskab.
Under kamploven blev Alvarez valgt til repræsentant for det 3. distrikt i Davao i 1978. Han blev genvalgt i 1980 og 1984. Han var en integreret del af Marcos' maskineri og en allieret med den afdøde præsident.
Da Marcos blev væltet i People Power Revolution i 1986, skiftede Alvarez side og sluttede sig til præsident Corazon Aquinos regering. Han blev efterfølgende udnævnt til minister for nationalt forsvar.
I 1987 blev han udnævnt til administrator af Philippine Coconut Authority. Han tjente indtil 1990.