Spændingen vokser, da Thomas og hans venner står over for deres største udfordringer endnu. De skal navigere gennem labyrintens forræderiske korridorer, mens de bliver forfulgt af de ubarmhjertige Grievers, mekaniske væsner, der strejfer rundt i labyrinten og udgør en dødelig trussel. Klimakset når sit højdepunkt, da Thomas konfronterer labyrintens skaber, Ava Paige, og stiller spørgsmålstegn ved moralen og motiverne bag WCKDs eksperiment.
Midt i kaos og fare afslører Thomas og Gladerne hemmelighederne bag labyrinten og årsagerne til deres indespærring. De kommer overens med de ofre, de må gøre for at bryde fri og afsløre sandheden om WCKD's intentioner.
Maze Runners klimaks er præget af intense actionsekvenser, følelsesmæssige konfrontationer og afsløringer, der ændrer historiens gang og sætter scenen for, at begivenhederne udfolder sig i seriens efterfølgende bøger.