Her er, hvad vi ved om udryddelsen af Megalodon:
* Den mest sandsynlige årsag er klimaændringer: De sene miocæn- og pliocæn-epoker oplevede betydelig afkøling og ændringer i havstrømmene. Dette påvirkede tilgængeligheden af Megalodons bytte, hovedsageligt hvaler.
* Konkurrence fra andre rovdyr: Fremkomsten af andre store rovdyr, som den store hvide haj, kunne også have lagt pres på Megalodon.
* Sygdom: Selvom det er mindre sandsynligt, er der en mulighed for, at en sygdom eller parasit kunne have bidraget til faldet af Megalodon.
* Påvirkningsbegivenheder: Selvom det ikke er en direkte årsag, mener nogle forskere, at store påvirkningsbegivenheder kan have spillet en rolle i udryddelsen af Megalodon.
Det er vigtigt at bemærke, at de nøjagtige årsager til Megalodons udryddelse stadig diskuteres blandt forskere. Kombinationen af faktorer anført ovenfor er dog generelt accepteret som den mest plausible forklaring.