Spillet har dog et par mekanismer, der tjener et lignende formål:
* Auto-lagring: Spillet gemmer automatisk på bestemte punkter under spillet, især efter at have fuldført store mål eller scener.
* Manuel lagring: Lara kan manuelt gemme sine fremskridt ved at finde og interagere med specifikke objekter i miljøet, ofte omtalt som "Save Points". Disse er ikke checkpoints i traditionel forstand, men de giver dig mulighed for manuelt at gemme dine fremskridt.
* Hurtig indlæsning: Hvis du dør, kan du hurtigt genindlæse din sidste automatiske lagring og effektivt fungere som et kontrolpunkt.
Selvom det ikke er et perfekt system, giver det mulighed for en vis grad af fremskridtsbesparelse. Det er dog vigtigt at bemærke, at spillets lagringssystem blev kritiseret på tidspunktet for dets udgivelse for at være upålidelig og potentielt frustrerende for spillere.