Groudon (Ground-type)
* Fundet i oprindelseshulen efter at have besejret Elite Four og blevet mester.
* Kan kun fanges efter opnåelse af Red Orb.
Kyogre (vand-type)
* Fundet i oprindelseshulen efter at have besejret Elite Four og blevet mester.
* Kan kun fanges efter at have fået Blue Orb.
Rayquaza (drage/flyvende-type)
* Fundet i himmelsøjlen efter Groudon og Kyogre er besejret.
* Kan kun fanges efter opnåelse af Red Orb og Blue Orb.
Regirock (rock-type)
* Fundet i det gamle tempel i ørkenen, tilgængeligt efter at have fået de tre Regi-nøgler.
* Du skal aktivere templet ved at bruge tasterne i en bestemt rækkefølge.
Regice (is-type)
* Fundet i det gamle tempel i ørkenen, tilgængeligt efter at have fået de tre Regi-nøgler.
* Du skal aktivere templet ved at bruge tasterne i en bestemt rækkefølge.
Registeel (stål-type)
* Fundet i det gamle tempel i ørkenen, tilgængeligt efter at have fået de tre Regi-nøgler.
* Du skal aktivere templet ved at bruge tasterne i en bestemt rækkefølge.
Latias (drage/psykisk-type)
* Fundet på den sydlige ø efter at have fået Eon-fløjten.
* Kun tilgængelig efter anskaffelse af Eon Flute.
Latios (drage/psykisk-type)
* Fundet på den sydlige ø efter at have fået Eon-fløjten.
* Kun tilgængelig efter anskaffelse af Eon Flute.
Jirachi (stål/psykisk type)
* Fundet i Ønskemagerens Hus efter at have fået Stjernestenen.
* Dette er et sjældent møde, og du bliver nødt til at bruge Stjernestenen for at vække den.
Mew (psykisk-type)
* Ikke teknisk tilgængelig gennem normal gameplay. Kræver en fejl- eller snydeenhed for at anskaffe.
Bemærk: Mens du teknisk set kan få Mewtwo i Pokémon Emerald er det ikke et legendarisk møde. Den kan findes i det forladte Pokémon Mansion i Slateport City-området.