Der er to hovedkamre:
* Skyggekammeret: Det er her, du møder Shadow Pokémon for første gang. Du skal bekæmpe dem for at rense dem.
* Mørkets kammer: Dette er det sidste kammer, hvor du står over for den sidste boss, lederen af Shadow Pokémon. Den er tilgængelig efter at have fuldført visse opgaver og renset adskillige Shadow Pokémons.
Den nøjagtige placering i Shadow Pokémon Facility er ikke specificeret i spillet, men den findes normalt dybere inde i anlægget, efter du er kommet videre gennem historien.