* 1567: Efter sin mands, Lord Darnleys, død og hendes ægteskab med jarlen af Bothwell, blev Mary tvunget til at abdicere den skotske trone og fængslet på Lochleven Castle .
* 1568: Hun undslap Lochleven Castle, men blev besejret i slaget ved Langside og flygtede til England, hvor hun sad fængslet resten af sit liv. Hun blev oprindeligt holdt på Carlisle Castle.
* 1568-1572: Hun blev flyttet til Bolton Castle og derefter Sheffield Castle.
* 1572-1587: Mary blev flyttet til Tutbury Castle, Wingfield Manor, Coventry, Chatsworth House og til sidst til Fotheringhay Castle, hvor hun blev retsforfulgt og henrettet i 1587.
Det er vigtigt at bemærke, at hun ikke altid blev holdt under barske forhold. Nogle af hendes fængsler var mere behagelige end andre, afhængigt af placeringen og det politiske klima. Hun var dog altid under streng bevogtning og genvandt aldrig sin frihed.