Nogle Pokémon er dog sværere at finde eller kræver specifikke forhold, der gør dem mere udfordrende at opnå. Her er nogle eksempler:
* Legendariske Pokémon: Rayquaza er historiens hovedfokus og er den eneste legendariske Pokémon, der er tilgængelig i spillet. Selvom det ikke er teknisk "sjældent" med hensyn til at være tilgængeligt, er det bestemt en udfordring at fange.
* Shadow Pokémon: Dette er specielle versioner af eksisterende Pokémon med unikke evner og udseende. Nogle skygge-Pokémon, såsom Shadow Lugia eller Shadow Mewtwo, er kun tilgængelige gennem specifikke begivenheder eller gennem handel.
* Pokémon, der kræver specifikke betingelser: Visse Pokémons, såsom Eeveelutions, kan kun optræde under visse omstændigheder, såsom på bestemte tidspunkter af dagen eller på bestemte steder.
I sidste ende afhænger "sjældenheden" af en Pokémon i XD:Gale of Darkness af din definition, og hvad du anser for udfordrende at opnå.