Arsenal Gear er en massiv ubåd bevæbnet med atomvåben. Det kontrolleres af Solidus Snake, lederen af Sons of Liberty, en terrororganisation. Raiden, spillerens karakter, skal infiltrere Arsenal Gear og stoppe Solidus i at bruge atomvåbnene.
Kampen med Solidus er en spændende og udfordrende kamp. Solidus er en stærk modstander, og han bruger en række forskellige våben og teknikker til at besejre Raiden. Raiden skal bruge alle sine evner og evner for at besejre Solidus og redde verden.
Ødelæggelsen af Arsenal Gear og den sidste kamp med Solidus Snake er et mindeværdigt øjeblik, fordi det er et vendepunkt i spillet. Det er det punkt, hvor Raiden endelig besejrer sine fjender og redder verden. Det er også et øjeblik med stor katarsis, da Raiden endelig får hævn for sine forældres død.