1. Dementorangreb: Bogen åbner med, at Harry bliver angrebet af dementorer, mens han er på vej til sin muggler-fætter Dudleys hus. Han bruger en Patronus-charme til at bekæmpe dementorerne, men hans ulovlige brug af magi uden for Hogwarts fører til, at han bliver udvist.
2. Føniksordenen: Sirius Black, Harrys gudfar, informerer ham om, at Magiministeriet forsøger at undertrykke rapporter om Voldemorts tilbagevenden. For at bekæmpe dette danner Dumbledore Føniksordenen, en hemmelig organisation dedikeret til at bekæmpe Voldemort og hans tilhængere.
3. Ministeriets propaganda: Ministeriet miskrediterer Harrys beretning om Voldemorts tilbagevenden og stempler ham som en løgner og opmærksomhedssøgende. The Daily Prophet, en troldmandsavis, kører negative artikler om Harry, hvilket yderligere pletter hans omdømme.
4. Forsvar mod den mørke kunst: Dolores Umbridge, en højtstående embedsmand fra ministeriet, udnævnes til ny professor i forsvar mod mørke kunst på Hogwarts. Hun nægter at lære eleverne praktiske defensive besværgelser og hævder, at teoretisk viden er tilstrækkelig.
5. Studentoprør: Frustreret over Umbridges metoder og ministeriets manglende vilje til at acceptere sandheden om Voldemort, danner Harry, Hermione Granger og Ron Weasley en underjordisk studenterorganisation kaldet Dumbledores hær. De mødes i hemmelighed for at lære ordentligt forsvar mod den mørke kunst.
6. En profeti åbenbaret: Harry lærer af en profeti gemt i Department of Mysteries, at enten han eller Voldemort skal dræbe den anden for at overleve. Deres skæbner er uløseligt forbundet.
7. Slaget ved Department of Mysteries: Voldemort lokker Harry og hans venner til Department of Mysteries, for at søge den profeti, som han tror vil garantere hans udødelighed. En anspændt kamp opstår mellem Dumbledores hær og Dødsspisere, Voldemorts tilhængere. Sirius Black dør under konflikten og ødelægger Harry.
8. Sandheden afsløret: Harry bliver frikendt, efter at Ministeriet for Magi er vidne til Voldemorts tilbagevenden. Dumbledore bekræfter, at Voldemort forsøgte at besidde Harry som baby, men det lykkedes ikke.
9. Eftervirkninger og cliffhanger: Bogen slutter med Troldmandsverdenen i høj beredskab, vel vidende at en betydelig kamp mod Voldemort og hans styrker er uundgåelig.
"Harry Potter og Føniksordenen" udforsker temaer om venskab, mod og vigtigheden af at kæmpe for, hvad der er rigtigt, midt i en klimaktisk kamp, der ændrer seriens gang.