Der er 25 forskellige naturer i spillet, hver med sine egne positive og negative effekter på specifikke statistikker. For eksempel har en Pokémon med en hårdfør natur ingen statistiske justeringer, mens en med en jolly natur har et boost til sin hastighed og et fald til sit specielle angreb.
At forstå og styre naturen er afgørende for at opbygge et effektivt Pokémon-hold, da de kan påvirke Pokémonens overordnede styrker og svagheder. Spillere kan støde på og rekruttere Pokémon med specifikke naturer, mens de udforsker fangehuller eller ved at bruge Wonder Mail-funktionen til at forbinde med andre spillere.