Den forsvindende handling er blevet tilskrevet udseendet af en mystisk skyggefigur kendt som "Darkrai", som menes at være ansvarlig for den forsvindende Pokémon. Den sande årsag til den forsvindende handling forbliver dog et mysterium, og Pokémon Rangers har til opgave at undersøge og afsløre sandheden bag denne ekstraordinære begivenhed.