I *Pokémon Mystery Dungeon*-spillene forvandles du faktisk ikke til en Pokémon. Du er et menneske, der på magisk vis er blevet forvandlet til en Pokémon, og du skal udforske fangehullerne og løse mysterier for at opdage, hvorfor dette skete, og hvordan du vender tilbage til din menneskelige form.
Processen med at blive en Pokémon i spillet forklares normalt gennem en indledende historie. Spillerkarakteren bliver normalt valgt af en Pokémon til at slutte sig til deres hold og begive sig ud på deres eventyr.
Kan du præcisere, hvad du gerne vil vide om transformationsprocessen eller ethvert andet aspekt af *Pokémon Mystery Dungeon*? Jeg hjælper gerne!