Mens Master Ball er en fast bestanddel i de fleste Pokemon-spil, er den især fraværende i Pokemon Colosseum og dens efterfølger, Pokemon XD:Gale of Darkness. Denne beslutning blev sandsynligvis truffet for at understrege spillets fokus på at fange Pokémon ved at bruge "Snap"-systemet, som involverer at svække Pokémons beslutsomhed i stedet for blot at slå dem ud.
Manglen på en Master Ball i Colosseum og XD bidrager til spillets unikke udfordring og tilskynder spillere til at mestre kunsten at fange Pokemon uden hjælp fra denne overmandede genstand.