I stedet for at lære bevægelser som Fly, lærer du forskellige evner og færdigheder gennem niveauer og udvikling. Du kan derefter bruge disse færdigheder til at navigere i fangehullerne.
Sådan kan du udforske verden i Pokemon Mystery Dungeon:Red Rescue Team:
* Flytning: Din Pokemon vil automatisk gå rundt i fangehullet. Du kan styre deres retning med retningsknapperne.
* Klatring: Nogle Pokemon lærer evner som Climb, som lader dem klatre op ad vægge.
* Flyve: Visse Pokemon kan lære evner som Fly, så de kan flyve over forhindringer og nå højere områder.
* Grave: Pokemon som Diglett kan grave gennem jorden for at nå andre områder.
* Svømning: Nogle Pokemon kan lære evner som Dive, som lader dem svømme gennem vandet.
I stedet for HM'er fokuserer Pokemon Mystery Dungeon på at bruge dit holds unikke evner til at overvinde forhindringer og løse gåder.